联盟设理事会。理事会是联盟的最高领导决策机构，由部分成员单位组成。联盟设理事长一名（由新疆农业职业技术学院担任），和副理事长、理事若干。副理事长单位、理事单位由加盟单位推荐并经理事会选举产生。理事会任期一届3年。

理事会主要职责包括：

（一）确定联盟定位、发展原则、组织架构及制度安排；

（二）制订联盟发展规划；

（三）确定联盟成员单位资格；

（四）确定联盟重大事项；

（五）审定联盟年度工作计划；

（六）指导联盟开展活动。

联盟设秘书处，负责联盟日常事务。秘书处设在理事长单位（新疆农业职业技术学院），设秘书长一名，配备专职工作人员。

新疆农业职业技术学院本部为联盟常设办公地点。

联盟设专家顾问委员会，负责指导联盟工作，开展相关研究并提出建议，供理事会决策参考。专家顾问委员会任期与理事会一致。