2003年学院提出精品课建设规划，动物微生物教研小组制定出本课程的五年规划，具体是：
　　1、2003—2004年——改革创新阶段，根据职业教育发展的需要，结合当地的实际情况，集中精力进行以突出能力教学为主的教学改革。动物微生物既作为重要的专业基础课，又具备专业课的特征，因此在以往沉淀的基础上，重新完善教学计划、教学大纲、教学内容，改革了教学方法、考核方法，完善了实验实训条件，建立学院动物医院、实验养殖场等校内实训基地。
　　课题组针对以上项目主要开展了以下工作：
　　（1）进行了广泛的调研，进一步明确了课程的定位，重新制定了教学大纲；
　　（2）根据大纲对教学内容进行适当调整，缩减了理论教学学时，增加了实训学时，增加了1周的教学实习，主要对学生进行综合技能训练；
　　（3）制定了详细的考核标准，重点制定了操作性很强的实践考核细则；
　　（4）明确提出了实践技能操作为主线，理论以“必需、够用”为原则的教学思想，对实验方法和手段进行了比较大的改进，并编写了循序渐进、由浅入深的实验实训指导书；
　　（5）编写了内容丰富的试题库和习题库；
　　通过以上教学改革，学生的教学实习能够与生产结合，提高学生的实践动手能力。
　　2、2005—2006年——工学结合探索阶段。在上一年教学改革的基础上，进一步明确了实践主线、理论镶嵌的教学思想。从培养学生的实践能力出发，突出教学内容的双基性、实用性和先进性。在稳定校内实训的基础上，选派一部分学生进入一批校外实训基地进行本课程生产性实训，增强课程的情境式教学。在此阶段课程建设中，充分利用各种现代教学技术手段，提升教学效果，压缩了理论学时。增加了实验设备和实训学时，开放了实训室，开发了综合实训项目，制定了相应的考核标准。通过以上教学改革，学生综合实践动手能力明显提高，给下阶段教学改革提供了依据。2005年5月，该课程被评为院级精品课程。
　　3、2007—2008年——工学结合全面实施阶段。编写适合本校学生的微生物技术实训教材，完成至少3位主讲教师整套的网上视频教学课件及电教资料片；进一步强化学生的微生物基本技能训练和生产性实训训练；全面推广微生物技术应用的工学结合式实践教学，提高学生微生物技术应用能力，扩大在微生物技术应用领域的就业机会。